为了进一步加强财政专项资金管理，切实防范截留、挪用、骗（套）取支农补助资金行为，充分发挥补助资金对民办公助项目的引导和激励作用，区财政局根据省政府办公厅《关于以民办公助方式推进财政支农项目建设的意见》（川办发【2010】53号）及上级财政部门支农专项资金管理的有关规定，结合现代农业生产发展、小农水重点示范县、村级公益事业一事一议财政奖补等项目资金管理经验，制定了民办公助支农项目财政补助资金管理办法。
该办法对各级财政安排用于支持政府引导、农民自建、民办公助性质项目而采取先建后补、以奖代补、奖补结合方式支付的专项资金管理进行了规范：
    一是明确补助资金的支持以民办公助支农项目为载体，并具体列示了此类项目的组织实施形式；补助资金的支付以民办公助支农项目自建主体为对象，支付对象按不同组织实施形式确定。 
    二是明确补助资金除有特别规定外，原则上按照有权部门确定的定额补助标准，实行先建后补、验收兑现，特殊情况下经有权部门同意，实行先进度预付、后验收结算。 
    三是明确补助资金原则上实行区财政报账制或区级项目主管部门报账制，实行区级项目主管部门报账制应商区财政局同意；区财政局或经区财政局同意执行报账的区级项目主管部门根据需要设立补助资金专户，实行专账核算，确保专款专用。 
    四是明确补助资金实行国库集中支付和现金直接支付，支付对象向区财政局或区财政局同意的区级项目主管部门提出申请，区财政局或区财政局同意的区级项目主管部门直接将资金支付给申请主体；对农户个体的补助原则上通过“财政补贴一折（卡）通”形式兑现，对其他对象的补助原则上通过转账形式兑现。 
    五是明确补助资金必须在申请主体与享受主体符合，支持内容与实际内容符合，项目实施与批复方案（计划）符合，综合项目或单元项目完成并经验收合格，补助资金审核、审查、批准手续完善，以及具备补助资金兑现申请、项目方案（计划）批复、项目完成情况报告、项目验收结论意见、执行报账部门认为有必要提供的合规报账凭证和其他相关附件资料的情况下支付。 
    六是明确补助资金兑现必须按程序进行，民办公助支农综合项目或单元项目完成后，实施主体按照验收要求向区级项目主管部门提出书面验收申请，并按照补助资金管理要求向区财政局或区财政局同意的执行报账的区级项目主管部门提出书面补助资金兑现申请；区级项目主管部门对申请验收的项目组织（或委托）验收并出具验收结论意见，同时对实施主体提出的补助资金兑现申请进行审核并签署审核意见；区财政局对区级项目主管部门出具的项目验收结论意见和签署的补助资金审核意见进行审查并提出补助资金支付意见；区财政局或区财政局同意的区级项目主管部门执行报账，区国库集中支付中心集中支付。